(اختلاف بین سوم فیثاغورثی 64/81 وچهارم کاسته فیثاغورثی 6561/8192 ( که بسیار نزدیک به سوم طبیعی 4/5 است) برابر یک کمای فیثاغورثی است ٬ در حالیکه اختلاف بین سوم فیثاغورثی و سوم طبیعی 4/5 برابر کمای سنتونیک یا کمای دیدیموس 21.506 سنت است. تفاوت بین کمای فیثاغورثی و کمای دیدیموس را Schisma با نسبت 32768/32805 که برابر 1.953 سنت است می باشد. ) همچنین اگر نت شروع C# باشد ٬ به فاصله چهارم ولف C# - F# و اگر نت شروع F# باشد به فاصله پنجم ولف F# - C# بر می خوریم که این خود باعث حذف این دوگام در مدولاسیونهایی می شود که به پنجم و چهارم درست نیاز است:

فاصله پنجم ولف F# -C#

فاصله چهارم ولف C# -F#

 

آنچنانکه در ماتریس اشاره شده مشخص است با تغیر تونیک (C,C#,D,D#,….) اندازه فواصل تغییر میکند. تغییرات فواصل در سیستم فیثاغورثی تابع 3 پارامتر است :
1- اندازه پرده ( بزرگ یا سوم کاسته فیثاغورثی)
2- اندازه نیم پرده (آپوتوم یا لیما )
3- ترتیب آرایش این دو فاصله . اصولا سیستم 12 نیم پرده ای فیثاغورثی شکل خاصی از چیدمان 12 نیم پرده آپوتوم ( 7 عدد) و لیما ( 5 عدد) است.
به عنوان مثال فاصله پرده بین اندازه پرده بزرگ یا همان دوم بزرگ فیثاغورثی 8/9 = 203.91 سنت و پرده کوچک یا همان سوم کاسته فیثاغورثی 65536/59049= 180.45سنت نوسان دارد. با توجه به تفاوت آرایش نیم پرده ها ٬ لحن و بیان یک مد خاص با تونیکهای مختلف متفاوت خواهد شد. مثلا گام دو ماژور به دلیل تفاوت اندازه فاصله دوم ٬ سوم و هفتم ٬لحن و هارمونی متفاوتی با سی ماژور در سیستم فیثاغورسی دارد.